Bölümümüzde uygulanan müfredat programı 2014-2015 yılından geçerli olmak üzere yenilenmiştir. Bölüm müfredatında zorunlu ders sayısı 51 dir. Ayrıca 2. sınıfa gelen öğrenciler belirli bir alanda uzmanlaşmak amacıyla zorunlu dersler dışında tercih ettiği alan (Deniz Ekolojisi ABD, Yetiştiricilik ve Balık Hastalıkları ABD, Balıkçılık Yönetimi ABD, Su Ürünleri İşleme ve Değerlendirme ABD ve Denizcilik Opsiyonu) ile ilgili seçmeli dersler almaktadır. Herhangi bir alanı tercih etmiş öğrenci 13 dersi seçmeli olarak almak zorundadır. Ek olarak üniversite seçmeli ders havuzundan 2. sınıftan itibaren her yarıyılda bir adet olmak üzere toplam 4 seçmeli ders almaktadırlar. Denizcilik opsiyonunun tercih edenlerde alınması gereken bölüm zorunlu ders sayısı 16 dır. Her öğrenci tercih etmiş olduğu alandaki tüm seçmeli dersleri almak zorundadır. Şayet öğrencilerin tercih etmiş olduğu alandaki seçmeli ders sayısı 13 ten az ise diğer anabilim dalları derslerinden tercihte bulunabililer. Deniz Ulaştırma İşletme Mühendisliği Bölümü'nde YANDAL ve ÇİFT ANADAL yapan öğrencilerimiz Seçmeli derslerden 'Denizcilik Opsiyonu' derslerini takip etmek zorundadırlar. Ders listesini bölüm ana sayfasındaki 'BİLGİ PAKETİ' kısmından detaylı öğrenilebilir. Diğer bölümlerde (Biyoloji ve Yaban Hayatı Ekolojisi ve Yönetimi) YANDAL ve ÇİFT ANADAL yapacak öğrencilerimiz ise her iki bölümlerde okutulan benzer seçmeli dersleri aldıklarında bu derslerden muaf olacaklardır.